高齡準爸爸的精子也可引起胎兒畸形，包括21三體兒（又稱唐氏綜合征）。由于高齡準爸爸未發育的精子長期暴露在種種危險環境中可發生基因變異。大約25%-30%的21三體兒的病因歸于準爸爸染色體異常。同時發現，準爸爸年齡超過50歲，出生21三體兒的危險性增高。
 
然而，到目前為止，有關準爸爸年齡對胎兒影響的研究尚無定論，主要有以下兩方面的原因：其一，21三體兒的發生率很低，而能存活下來的21三體兒則更少。其二，大多數高齡準爸爸是與高齡孕媽媽結婚的，這時就很難確定21三體兒來源于高齡孕媽媽還是來源于高齡準爸爸。許多專家認為準爸爸年齡與21三體兒和其他許多先天畸形存在關聯，但風險性非常低微。在這種情況下，醫生不會因此建議孕媽媽做羊膜腔穿刺進行產前診斷。但在以后的妊娠期，如果擔心準爸爸的年齡影響胎兒，盡管這種可能性很小，可與醫生討論，決定是否需要做產前診斷。