嬰兒智力低下的原因很多，總的來說，可以分為真性智力低下和假性智力低下兩種。假性智力低下，雖然智力發育遲緩，但是神經系統沒有明顯的損害，在消除致病原因后智力會恢復到正常水平。真性智力低下如能早期識別和治療，智力還有恢復的希望。前者多是和疾病以及環境營養有關，后者多于遺傳有關。

1.遺傳

遺傳因素是導致重度智力低下的主要原因之一，在發達國家由遺傳疾病所致的智力低下占重度智力低下總數的一半以上。

2.感染和難產

出生前原因孕婦妊娠前4個月若感染風疹病毒，流感和其他病毒性疾病，對胎兒和嬰兒危害極大，可造成胎兒先天畸形和智力障礙。

3.疾病

先天愚型又稱唐氏綜合征，是由于染色體異常造成的。呆小病又稱先天性甲狀腺功能不全。由于甲狀腺發育異常不能合成甲狀腺素，影響了大腦發育所致。苯丙酮尿癥是由于酶的缺陷，攝入的苯丙氨酸代謝受阻，引起腦細胞功能障礙。貓叫綜合征是由于體內染色體出了問題。

4.社會以及家庭心理因素

早期社會隔絕、情感人為剝奪、缺乏母愛、無人照料、文化閉塞、不適當的教導方式等均可影響孩子的智力水平。在社會經濟地位高、家庭結構穩定、母親受過良好教育的家庭中，兒童的智力水平高于那些相關條件差的孩子。其他因素如大家庭、多子女、出生間隔時間短、雙生子和父母離異等，均對兒童的智力發育有直接影響。

5..地理環境

孕婦缺碘是影響胎兒正常發育的重要因素之一。放射線無論是X線或其它放射線，均可使胚胎發育停止繼而發生畸形。胚胎受放射線影響的程度取決于放射線種類和劑量、受照射時的發育階段、胚胎對放射線的敏感性。

噪音噪音中對胎兒的影響主要表現在對胎兒發育、胎兒反應以及致畸作用等方面。

重金屬如鉛含量過高，易發生不孕、自然流產、生產低體重兒，其嬰兒則有發育遲緩、智力低下等表現。

6.營養

研究表明，孕期營養不良是宮內胎兒生長遲滯的主要原因之一。凡母親營養不良者，小兒體格發育均明顯遲緩，這類小兒常伴有智能低、行為障礙或其他方面的障礙。