陰道毛滴蟲主要寄生于陰道的鱗狀上皮表面中，而不是寄生于柱狀上皮表面。在陰道，毛滴蟲可引起急性炎癥反應，使陰道分泌物增加，內含大量多核細胞，引導毛滴蟲在陰道腔內或粘于陰道粘膜細胞表面，而不進入粘膜內。在粘膜表面常有微量小出血點、累及顆粒層和棘細胞層。毛細血管有增生現象。

女性陰道感染毛滴蟲后，一般要經過4至28天的潛伏期，主要表現大量臭味膿性陰道分泌物，分泌物呈泡沫狀。嚴重時白帶可混有血液。多數病人有外陰瘙癢和灼熱感、排尿困難、疼痛、尿頻、尿急、甚至間歇血尿等。癥狀往往于月經前后、妊娠、疲勞或房事后加重。檢查時可發現外陰發炎、糜爛、陰唇水腫、陰道及宮頸粘膜發紅及尿道炎、偶見腹股溝擦爛等。嚴重病人陰道壁和子宮頸有出血點和糜爛、呈典型的“楊梅狀”、宮頸可充血、水腫。

男性尿道也是感染毛滴蟲的主要地方。無癥狀占50至90%。引起尿道炎者表現為尿痛、尿頻，50至60%有尿道分泌物增加現象，呈膿性或粘液性分泌物，量很少，僅于晨間在尿道口處有一微滴，排尿后消失，分泌物常為間斷性的，時有時無。與女性感染陰道毛滴蟲病癥狀有所不同。