潛伏期約為1～3天，短者數小時，長者5～6天。典型患者多急驟起病，少數病例病前1～2天有頭昏、倦怠、腹脹及輕度腹瀉等前驅癥狀。病程通常分為三期。

一、瀉吐期

多數病人無前驅癥狀，突然發生劇烈腹瀉，繼之嘔吐，少數先吐后瀉，多無腹痛，亦無里急后重，少數有輕度腹痛，個別有陣發性腹部絞痛。腹瀉每日10余次至數10次，甚至大便從肛門直流而出，難以計數。大便初為黃色稀便，迅速變為“米泔水”樣或無色透明水樣，少數重癥患者可有洗肉水樣便。

嘔吐一般為噴射性、連續性，嘔吐物初為胃內食物殘渣，繼之呈“米泔水”樣或清水樣。一般無發熱，或低熱，共持續數小時或1～2天進入脫水期。

二、脫水期

由于劇烈吐瀉，病人迅速呈現脫水和周圍循環衰竭。輕度脫水僅有皮膚和口舌干燥，眼窩稍陷，神志無改變。重度脫水則出現“霍亂面容”，眼眶下陷，兩頰深凹，口唇干燥，神志淡漠甚至不清。皮膚皺縮濕冷，彈性消失；手指干癟似洗衣婦，腹凹陷如舟。

當大量鈉鹽丟失體內鹼儲備下降時，可引起肌肉痛性痙攣，以腓腸肌、腹直肌最為突出。鉀鹽大量喪失時主要表現為肌張力減低，反射消失，腹脹臌腸，心律不齊等。脫水嚴重者有效循環血量不足，脈搏細速或不能觸及，血壓下降，心音低弱，呼吸淺促，尿量減少或無尿，血尿素氮升高，出現明顯尿毒癥和酸中毒。

三、反應恢復期

患者脫水糾正后，大多數癥狀消失，逐漸恢復正常。約三分之一患者因循環改善殘存于腸腔的毒素被吸收，又出現發熱反應，體溫約38～39℃，持續1～3天自行消退。

整個病程平均3～7天，也有長達10余天者。

根據病情可分為輕、中、重三型（見表）。極少數病人尚未出現吐瀉癥狀即發生循環衰竭而死亡，稱為“暴發型”或“干性霍亂”。