患者感染風疹后，風疹病毒首先在上呼吸道粘膜及頸淋巴結生長增殖，然后進入血循環引起病毒血癥，播散至全身淋巴組織引起淋巴結腫大，病毒直接損害血管內皮細胞發生皮疹。目前多認為皮疹是由于風疹病毒引起的抗原抗體復合物造成真皮上層的毛細血管炎癥所致。本病病情比較輕，病理發現不多，皮膚和淋巴結呈急性、慢性非特異性炎癥。風疹病毒可引起腦炎、腦組織水腫，非特異性血管周圍浸潤、神經細胞變性及輕度腦膜反應，也可感染地數十年后由于慢性持續性病變而導致慢性全腦炎。

先天性風疹的發病原理還不太清楚，已知孕婦感染風疹后，風疹病毒可于病毒血癥階段隨血流感染胎盤最后感染胎兒。胎盤絨毛膜被感染后有較持久的小血管和毛細血管壁廣泛受累的現象。母親越在孕齡早期被感染風疹，胎兒被感染的機會越多，孕齡第1個月時，10%～30%，第3個月時5%～20%，第4個月時1%～5%，以后仍可能有少數胎兒被感染。由于胎兒、特別被風疹病毒感染后的胎兒更缺乏細胞免疫功能及不產生干擾素等事實，因此使風疹病毒在體內長期廣泛存在，并隨胎兒細胞分裂增生時病毒又侵入下一代細胞，不斷增殖傳代，因此形成持續地、多器官的全身感染，并由此產生多樣的先天性缺陷癥狀，故稱為先天性風疹綜合征（congenital rubella syndrome,CRS）。最多見的癥狀有白內障、神經性耳聾、先天性心臟病、腦膜腦炎、心肌壞死、間質肺炎、巨細胞肝炎、腎炎、尿道下裂等。此類新生兒出生后持續排病毒數月甚至數年。也有不少生未出現明顯癥狀，但經血清學檢查證明胎內時已被風疹病毒感染。近年研究一再揭示先天性風疹患兒常有進行性異常免疫反應。