西醫認為：陰莖的分化與發育全靠體內的睪酮水平，如果妊娠第6－9個月期間，睪酮分泌不足，陰莖發育低于正常速度，出生時陰莖便較小。導致小陰莖的病因包括：病變原發于睪丸的高促性腺激素性腺功能低下癥；低促性腺激素性腺功能低下癥；部分性抗雄激素綜合征；特發性小陰莖，原因至今不明。

　　中醫認為：腎為先天之本，主藏精，主司人身的發育成長、生殖和水津諸液。若先天發育不良，必造成陰莖短小不足。另外中醫還認為陰莖短小后天多由腎氣不足所致，腎氣足則氣旺，陰莖勃起強大。

　　中西醫結合觀點：
　　本病中醫在臨床中認為需要增加陽氣，溫腎補氣，增強性器官的真陽之氣使內藏于腹部的陰莖增長出來。西醫治療本病以內分泌治療和手術治療為主。