形成陰莖短小的原因是多種多樣的，有先天的因素，也有后天的因素，遺傳基因的影響最為根本，常見原因如下：

(1)在母體懷孕期間因藥施用不當，影響雄性激素的分泌，先天不足;

(2)缺乏健壯性機能的營養和原素，形成先天發育不良;

(3)青少年發育期間，營養不足，起不到壯大性器官的作用;

(4)內體寒、怕冷、體內陽氣不足，致使陰莖不能完全凸出，有部分內縮于腹內;

(5)性生活過度，身體虛弱或在青少年剛發育期間手淫過頻，使腎臟在發育時無能量去壯大發育性器官，形成陰莖短小;

(6)患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發育不全等癥及內分泌不平衡，雄性激素不足;

(7)包皮過長，缺乏生長的必要空間，陰礙陰莖的發育生長。陰莖勃起在11-15公分屬正常，短于10公分則屬短小。