許多婦女尤其是未婚婦女錯誤地認為，藥物流產就像正常月經來潮一樣，不會傷身體，不需要休息。實際上，藥物流產與負壓吸宮術一樣，都會在一定程度上損害婦女的健康，其中，以下幾方面尤其普遍。
　　
　　第一、感染。婦女服用抗孕藥物后，子宮腔內的胎囊組織可在當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮內膜復原欠佳，陰道出血時間較長，可持續2－3周，甚至1－2個月。長期慢性失血可引起貧血，使身體抵抗力下降。這時，細菌往往由陰道逆行而上而引起子宮內膜炎癥。
　　
　　第二、月經失調。抗孕藥物可以抑制卵巢的功能，影響卵泡的生長發育甚至干擾排卵。個別婦女藥物流產后，可發生月經失調，表現為月經周期縮短或延長，月經量增多。
　　
　　第三、影響以后妊娠。育齡婦女如反復妊娠、反復流產會造成子宮內膜反復受損。由于子宮內膜有損傷，一旦她們需要正常妊娠，易發生前置胎盤，可引起產前大出血；甚至發生習慣性流產。
　　
　　藥物流產必須在具有一定條件的醫院中進行，抗孕藥必須在醫生的指導下服用，切忌擅自在家中服藥，如遇陰道流血不止，應及時去醫院檢查。