現在所應用的藥物流產藥米非司酮其藥量僅為最初所用藥量的1/4～1/3，因而副作用并不明顯，主要為加重早孕反應、乏力等。前列腺素副作用以胃腸道反應為主，如惡心、嘔吐、腹瀉及由于子宮收縮可產生下腹痛，個別人有發熱、頭暈、皮膚潮紅及發麻等癥狀。為預防或治療胃腸道副作用，可在用藥前后服用復方苯乙呢陡或胃復安，腹痛嚴重者可予以度冷丁或阿托品類鎮痛解痙藥。但要避免使用對抗前列腺素的消炎痛、氟滅酸或水楊酸類制劑。
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　　少數孕婦服用米非司酮即可流產。80%孕婦在使用前列腺素類藥物后6小時內排出絨毛胎囊；約10%孕婦在服藥1周內排出。因此，只要有出血情況即要注意排出物。如在家中排出組織，須帶給醫生察看，以確定是否絨毛組織。
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　　根據排出或未排出絨毛胎囊的情況，按醫生規定的時間在用藥后8～15天內到給藥的醫療機構隨診，以確定藥物流產效果。凡醫務人員確定藥物流產失敗或流產不全者，必須做人工流產術以終止妊娠。
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　　藥物流產時雖已排出絨毛胎囊，但子宮內的蛻膜組織則是慢慢排出的，故出血時間較長，平均18～20日。部分婦女會因出血多、時間長而導致貧血或并發子宮內膜炎、盆腔炎等。因此，藥物流產必須到具有急診刮宮手術和輸液等的醫療機構，在專門培訓的醫生篩選指導下應用，并按規定服藥、觀察、隨診，以便及時發現問題，及時處理。
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　　極個別孕婦出現大出血、腹痛、發熱等意外情況時，應急赴給藥的醫療機構就診。
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　　即使藥物流產成功，一切正常的婦女，流產后也要采取有效的避孕措施。臨床上已發現，不少婦女藥物流產后尚未來月經，或短期內未采用避孕措施又妊娠的情況。事實上，無論是人工流產或藥物流產，對孕婦的身體健康和心理都有一定影響，故以少做為好。