影響所有絕經期綜合癥的女性共同因素是激素水平下降。由于卵巢萎縮，使雌激素水平和孕酮水平不斷下降。對處于自然狀態的絕經后婦女來說，她們的雌激素不再由卵巢產生，而是在外周由雄激素轉化而來，而雄激素又是卵巢的基質細胞(不是濾泡)和腎上腺所產生的。可以想象，這時體內雌激素水平比絕經前要低多了。

與能在任何年齡下對性活動動施加各種影響的心理的或社會的因素有所不同，雌激素的嚴重匱乏將對絕經期婦女的性表現產生特定的影響。人們早在40多年前就認識到雌激素喪失與性功能障礙的關系，當初介紹使用雌激素替代療法的原因之一，就是要設法保持性功能的正常進行。專家把沒有接受替代療法的絕經期婦女看作是“去掉性別的人”。

雌激素水平下降給這一時期女性生殖器造成了種種變化。陰阜和會陰部的脂肪消失，陰唇逐漸萎縮幾乎消失，陰毛和腋毛日趨稀疏。卵巢顯著萎縮，輸卵管細若線繩，子宮恢復到青春期前大小，子宮內膜和子宮頸同樣出現萎縮。陰道失去彈性和擴張能力，變得又短又脆弱，陰道上皮變薄和發白，有時因失去對血管的保護性支持而容易發生出血，此外陰道潤滑物的分泌速率和分泌量減少。

這些生理方面的變化，特別是陰唇脂肪的消失和陰道上皮的萎縮性變化會導致8-30%的絕經后婦女出現性交疼痛。

1、性興趣的降低似乎與雌激素的減退相關聯。有人比較了同一年齡組中分別處于絕經前、絕經中、絕經后的婦女，調查結果發現她們分別有52%、68%和79%的人報告性興趣的降低。

2、性生活頻率也隨著雌激素的減退而減少。一項調查表明，比絕經晚期血雌激素水平高一倍的絕經早期婦女，其性交頻率也差不多高一倍。雖然許多行家認為睪酮水平是性的驅動力，但這兩組婦女之間的睪酮水平卻沒有差別。有人認為當血雌激素水平低到35毫微克/毫克或更低時，將預示著性交頻率的明顯變化(少于每周1次)，因此這一數值成了一個關鍵性數字。當雌激素水平高于此值時，幾乎所有的婦女每周至少性交一次。有一項調查表明，46-50歲、50-60歲、60-70歲三個年齡組中停止性活動的婦婦人數分別占14%、42%和73%。調查還表明絕經后婦女的所有形式的性活動頻率(性交、手對生殖器的刺激和肉體親昵活動等)都低于絕經期前的婦女。

3、性高潮能力在絕經后也有下降。雖然多數人的高潮能力仍然保持不變，但據報道在38歲、50歲、54歲三個年齡組中分別有12%、16%和24%的婦女報告在性交時無法達到性高潮。

絕經期綜合癥女性經歷的性反應周期的其他變化包括：

性紅暈發生率下降，肌緊張度降低，性刺激時乳房體積不再增大，前庭大腺分泌變慢或停止，陰道潤滑延遲或缺失，陰道經宮頸橫斷面處的寬度減小，陰道外1/3充血程度減輕，高潮時較少或偶爾出現子宮痛性收縮。

毫不奇怪，絕經后婦女的整個性反應變得遲鈍或削弱了。