雖然藥物流產有不少優點，但也有它的局限性及副作用，因此不能像感冒發熱，自己到藥房買幾片ＡＰＣ吃那樣簡單，而且為了保證婦女健康，嚴格禁止在一般藥房出售流產的藥物，藥物流產者必須在有條件的醫療機構中進行。
    進行藥物流產的一般程序如下：
    （１）用藥前嚴格篩選，包括詢問病史，進行全身體檢和婦科檢查，作實驗室檢查，如尿妊娠試驗、陰道清潔度、滴蟲和霉菌、血常規和血型，必要時做Ｂ超檢查。
    （２）醫生詳細交待服藥方法、藥物療效及可能出現的副作用，征得同意后方可用藥。
    （３）目前常用劑量：米非司酮用量為１５０～２００毫克，可以頓服或分次于３天內服完。于第３天到醫院加用前列腺素制劑：卡孕拴１毫克置于陰道內或米索前列醇６０Ｏ微克口服。在醫院中觀察６小時。
    （４）流產過程中的監護：住院觀察期間除注意血壓、脈搏、藥物副作用外，所排出的大小便均需保留在干凈便盆內，由專人檢查并記錄有無胎囊及其排出時間，胎囊大小和出血量。如排出胎囊前后有活動性出血，可給宮縮劑或立即刮宮止血。
    （５）觀察６小時后如胎囊仍未排出，出血不多，可回家，按醫生規定日期隨診。如在家中排出組織，須帶給醫生察看。