女性感染本病，開始時常常沒有癥狀或癥狀輕微。無癥狀的病原攜帶者可以隨時發病，出現臨床癥狀和體征。
１．尿道炎：有尿頻、尿急、尿痛和排尿困難等尿道刺激征，亦可伴發急性非淋菌性出血性膀胱炎。檢查尿道口潮紅和腫脹，壓迫尿道可有少量淡黃色分泌物。癥狀可在數天內自然減輕。
２．宮頸炎：與尿道炎同時發生，在臨床上最為多見；癥狀常不典型或有輕度的白帶增多，呈黏液膿性分泌物。檢查可見宮頸水腫或宮頸糜爛，陰道壁有輕度充血潮紅。陰道鏡檢查，見宮頸邊緣有濾泡形成。當合并滴蟲或念球菌感染時，有不同程度的陰道分泌物增多和下腹部疼痛等癥狀。
本病有以下并發癥：
（１）．非淋菌性前庭大腺炎：可見小陰唇與處女膜之間的腺體開口處潮紅、水腫，局部疼痛，嚴重時出現膿腫。慢性反復發作可形成囊腫，檢查可觸及腫大的腺管或腺體。
（２）非淋菌性盆腔炎：分急、慢性兩種。
1）急性盆腔炎：表現為發熱、頭痛、食欲不振、下腹部疼痛，可伴有腹脹、惡心、嘔吐等消化道癥狀。檢查下腹部有壓痛及反跳痛、子宮體有壓痛、活動度受限，宮體兩側和后穹窿有壓痛，有時可門及腫物。
2）慢性盆腔炎：全身癥狀多不明顯，主要表現為下腹部墜脹、疼痛和腰酸、白帶增多。卵巢功能受影響時可有月經失調，子宮內膜炎癥使月經量增多、經期延長或縮短，腹部鈍痛。檢查宮體活動受限，一側或兩側輸卵管增粗，呈條索狀或門及囊性腫物，周圍有壓痛。該并發癥易復發，導致輸卵管阻塞也較淋菌性輸卵管炎常見。