新生兒敗血癥由于誤診等，治療往往不太得力，因此易造成很嚴重的后果。其最重要的并發癥是化膿性腦膜炎、肺炎、肺膿腫、骨髓炎、腎盂腎炎及蜂窩組織炎等。這些并發癥都是重癥，其一是病死率高，其二是后遺癥多。化膿性腦膜炎的后遺癥自不必說，骨髓炎造成肢殘，腎盂腎炎亦可成為終生疾患。患新生兒敗血癥后，可能變成了一個殘疾兒，所以必須重視新生兒感染問題。

新生兒敗血癥還會影響寶寶智力發育。新生兒敗血癥如果不能及時、徹底地治療，可能導致高膽紅素血癥，甚至核黃疸及化膿性腦膜炎發生，均可影響小兒智力發育。因此，當小兒有皮膚膿皰疹、臍部發紅化膿或臀部皮疹、破潰應到醫院診治。如果小兒吃奶減少、嗜睡、哭鬧不安、黃疸加重，出現腹脹、腹瀉等應住院徹底地抗感染治療，有效制止病情發展。

預防新生兒敗血癥刻不容緩。孕婦瑩定期作產前檢查，分娩過程中應嚴格執行無菌操作，對胎膜早破、宮內窒息或產程過長的新生兒應進行預防性治療。對有感染與發熱的母親應用廣譜、通過胎盤屏障的抗生素。對有窒息的新生兒的復蘇盡量減少交叉感染的機會。做好寶寶皮膚、黏膜護理，應特別注意避免感染或損傷。不要用粗糙不潔的布巾擦洗新生兒口腔，以免損傷口腔黏膜。如有感染性病灶，應及時處理，并應用適量抗生素預防感染。