檢查皮疹和潰瘍來鑒別手足口病和其他原因所致的口腔潰瘍。可將咽拭子或糞便標本送至實驗室檢測病毒，但病毒檢測需要2-4周才能出結果。

1.血象 白細胞總數和中性粒細胞數大多正常。

2.病毒分離 采取病人的水泡液、唾液等以無菌處理后分別接種至：①豚鼠腳掌皮內，4～5天后在其足趾間出現水泡；②小鼠腦內及其乳鼠腹腔內而致死亡；③豬腎、小牛腎細胞培養中出現細胞病變者，則可認為分離到口蹄疫病毒，可進一步用特異性血清鑒定其型別。

3.血清學試驗 以補體試驗結合最為敏感，起病后10～20天可獲得陽性結果。