新生兒敗血癥在未獲得血培養結果之前即要選用抗生素治療，以后根據血培養結果及細菌藥敏試驗選用抗生素。通常聯合應用一種青霉素類和一種氨基糖甙類抗生素作為初選藥物。因為這二種抗生素的配伍具有較廣泛的抗菌譜并能產生協同作用。在嚴重感染的病例可選用第三代頭孢菌素和青霉素類聯合應用

1、免疫球蛋白治療。因免疫球蛋白水平低，生后極易發生低免疫球蛋白血癥而致嚴重感染，敗血癥的發生率和病死率均較成熟新生兒為高，足月兒雖無明顯的低免疫球蛋白血癥，但也可因母體產生的免疫球蛋白缺乏某些特異性抗體如大腸桿菌、沙門菌抗體而不能控制這類感染。靜脈用丙種球蛋白含有大量免疫球蛋白和特異型抗體，因此可用于敗血癥的輔助治療。

2、白細胞的輸入。重癥敗血癥患兒，若血中中性粒細胞數降低而骨髓儲備白細胞又不能補充粒細胞的缺乏時，輸入從正常成人血液中分離出來的多形核白細胞，可增強白細胞對病菌的吞噬功能和殺菌活性，從而降低病死率。

3、交換輸血。重癥敗血癥患兒可通過換血除去血液中的細菌、毒素和酸性代謝產物;清除異常血凝物質，糾正異常血凝過程，供給大量新生兒所缺乏的抗體、補體以及吞噬細胞等，增強機體的抵抗力。交換輸血主張用新鮮全血，換血量為160ML/KG，但要注意換血后可能發生的并發癥如電解質平衡紊亂、感染、移植性抗宿主反應等。換血療法適應于經抗感生素治療無效的重癥新生兒敗血癥。