抗菌素治療活動性沙眼感染人群是相當重要的，自從二十世紀五十年代早期，沙眼的治療主要依靠長期局部使用四環素。沙眼衣原體對一些抗生素包括磺胺類藥物、紅霉素和四環素敏感。四環素眼膏因其價格低效果可靠，因此得到廣泛使用。四環素在短期降低炎癥性沙眼的患病率和嚴重性是有效的，但這種治療被認為是抑制性的，而不是治愈性的，故需長期使用才能加強其療效。

1%四環素眼膏，每日2次，共計6個月。或間斷治療，2次/每日，連續5天/月。或1日/月，連續10天/月，至少連續用藥6個月/年。個體局部使用四環素將導致沙眼衣原體感染的消失和繼發性細菌感染的降低。這將短期降低現存的和嚴重的眼部感染，而眼外的衣原體感染并沒有受到影響，眼部會發生自身的再感染。此外，如果在一個經過抗生素治療的社區內，不是所有的感染的人得到有效的治療，則衣原體的傳播會重新開始。對于流行地區應采取群體治療和家庭治療，即對活動性沙眼的患者群體或個體/家庭局部抗生素治療，對于嚴重患者應附加全身抗生素治療，最初使用磺胺，但后來被四環素、土霉素或強力霉素所取代。口服四環素：250mg，每天4次，共3周。或強力霉素100mg，每天1次，共3周。對于兒童或孕婦推薦使用紅霉素250 mg，每天4次，共3周。最近在岡比亞、埃及和沙特阿拉伯的研究顯示，成人一次性口服1克阿奇霉素對治療沙眼衣原體病有良好的療效，然而阿奇霉素價格昂貴，是一個值得關心的問題。