沙眼早期癥狀不明顯，放不易被人們注意，經常在體格檢查時被發現。也有部分病人眼刺癢、干澀、見風流淚，晨起時眼角上有少量的分泌物，夜間工作或學習時，常感到眼睛疲勞不適，睜不開眼等。較重的沙眼，會引起各種合并癥及后遺癥，嚴重影響視力，甚至造成失明。

當沙眼衣原體侵人結膜上皮細胞層時，結膜亡皮發生病變，表層細胞壞死脫落，深層細胞就大量增生并有血管新生，使結膜表面出現粗糙的微小凸起的乳頭。有時淋巴細胞在結膜上皮下聚集成閉，形成比乳頭稍大的圓形隆起，呈珠光狀小泡，稱為濾泡。隨著沙眼病情的進展，乳頭、濾泡逐漸消失，結締組織增生，險結膜出現白色線狀、網狀、片狀疤痕組織。由1：疤痕收縮，使險板變成弓形彎曲，于是引起眼盼內翻、倒睫。眼睫毛摩擦刺激角膜，引起角膜疼痛，怕光、流淚、使角膜發炎。

沙眼病變常侵犯透uj的角膜，微小血管內角膜上緣侵入角膜內，在血管頂端有灰色浸潤點，醫學上叫角膜血管屠，嚴重時可影響視力，甚至失明。

沙眼病變也常破壞結膜的腺體和淚腺，使眼睛不能產生眼淚，引起角膜干燥而混濁。也常侵犯淚道粘膜，使淚道不通暢，淚液淤滯，發生慢性淚囊炎。

根據活動性病變(乳頭及濾泡)占上臉結膜總面積的多少而分級，小于1/3為輕度沙服，1/3—1/2為中度沙服，大于2/3為重度沙眼。