患有陰道毛滴蟲病者，往往由于不能根治而苦惱，尤其男性滴蟲性尿道炎因易被忽略而更難以治療，加之選用的藥療效低、劑量不足、用藥時間短等因素，就更不易根治。 中國醫學健康網1、局部用藥 對于輕癥婦女患者采用局部用藥就可以了。
（1）0.5%乳酸溶液沖洗陰道，再將葡萄糖粉撒入陰道內。由于健康人陰道存在一些不致病的細菌，它們可以分解葡萄糖產酸，使陰道內酸度增高，不適于滴蟲繁殖。每日1次，連續7-10日。
（2）乙酰胂胺（滴維凈Acetarsol）：有滅滴蟲作用。滴維凈每晚放入陰道內1-2片，連續10日為1療程。停藥后5-7日查滴蟲，若無可停藥，否則再用1療程。
（3）甲硝唑（Metronidazole）:亦名滅滴靈。有強力的殺滴蟲作用，是治療陰道滴蟲病首選藥物。甲硝唑栓劑（每個栓劑含0.2g），每晚放入陰道內，連續7-10日為1療程。也可同時內服本劑。
（4）制霉素栓劑（Nystatin suppository）：對念珠菌、滴蟲有抑制作用，常用于混合感染者，每晚陰道內放入1粒栓劑，連續10-15日。
單純局部外用藥，雖然可以直接殺死滴蟲，但是對寄生在尿道內的滴蟲或隱藏于腺體內的滴蟲根本無效。為根治滴蟲癥，常需口服滅滴蟲藥。
2、口服藥
（1）甲硝唑：成人劑量每次200mg（1片），每日3次，連續7-10日為1療程。配合甲硝唑栓劑外用對（1）性陰道炎可以提高療效，防止復發，治療率可達90%。本劑可以引起惡心，腹瀉、眩暈，頭痛等不良反應，尚有致畸胎可能，因此孕婦不能使用，或在懷孕前6個月內不用。患有中樞神經疾患和血液病者禁用。
（2）哌硝噻唑（Piperanitrozole）：本劑為5-硝基噻唑類抗原蟲藥劑，對陰道毛滴蟲有抑制及殺滅作用。不良反應較滅滴靈少。成人劑量：每次0.1g，每日3次，連續7-10日為1療程。少數服本劑患者，可以引起轉氨酶增高。
（3）曲古霉素（Trichomycin）：本劑對滴蟲、阿米巴原蟲、念珠菌都有抑制作用，因此，同時患有滴蟲及念珠菌癥者應首選本劑。成人劑量，每次2-3片（5萬單位1片），每日3次，連續7-10日。