卵巢囊腫的發病機制一直眾所紛紜，主要有以下3方面學說受到醫學界的一致支持。

1、子宮內膜種植學說

如月經期脫落的子宮內膜碎片，隨著經血逆流經輸卵管而直至腹腔，使其種植在卵巢和鄰近的盆腔腹膜，這些碎片就會繼續生長蔓延，最終造成卵巢囊腫的發生，尤其是生殖道有畸形或梗阻的女性較多見此種發病機制。

2、體腔上皮化生學說

女性的生殖系統上皮、卵巢生殖上皮以及盆腔的腹膜、胸膜等處均起源于體腔上皮，如體腔上皮受到炎癥、創傷、經血或雌激素過高等因素的不良刺激后，就會化生為子宮內膜樣組織，形成卵巢囊腫。

3、免疫學說

女性免疫功能正常的情況下，月經期由輸卵管流入腹腔的內膜細胞會被局部免疫系統殺滅，一般對機體不會造成損害，但如局部免疫功能不足或逆流腹腔內的內膜細胞數量過多，就會導致內膜細胞殘留，免疫系統無法將其全部殺滅，繼而誘發卵巢囊腫。另外，據統計，如女性患有其他免疫系統疾病，如紅斑狼瘡等，其發生卵巢囊腫的幾率較免疫系統正常女性要高出2倍。