卵巢巧克力囊腫與以人工流產為主的宮腔手術有著密切關系。因此，采取避孕措施，杜絕人工流產，有助于預防卵巢巧克力囊腫的發生。

專家表示，目前卵巢巧克力囊腫的治療頗為棘手，因此，預防巧克力囊腫的發生就顯得尤為重要。預防卵巢巧克力囊腫的關鍵在于如何避免子宮內膜異位癥的發生。

根據與子宮內膜異位癥發病有關的“危險因素”，可從以下幾方面采取預防措施：

1.注意調整自己的情緒，保持樂觀開朗的心態，使機體免疫系統的功能正常。2.要注意自身保暖，避免感寒著涼。3.月經期間，禁止一切劇烈體育運動及重體力勞動。4.如已查出患有子宮內膜異位癥，卵巢巧克力囊腫大于6cm以上者，在月經期或月經中期一定要注意保持情緒穩定，避免過度勞累，一旦囊腔內張力突然升高時，囊壁破裂，會形成急腹癥。5.盡量少做人工流產和刮宮，做好計劃生育。6.月經期要做好自身的保健，注意控制自己的情緒，不要生悶氣，否則會導致內分泌的改變。7.女孩子青春期要避免受驚嚇，以免導致閉經可形成溢流。8.女性月經期一定要禁止性生活。