其治療原則是，對有生育要求的年輕婦女一般采用藥物治療并定期隨訪檢查。若癥狀較重，經藥物治療效果不明顯，或卵巢有較大包塊的，可以采用保守性手術，如卵巢內膜囊腫巧克力液抽吸術，內膜囊腫剝除術或患側卵巢切除術，以保留正常卵巢和生育功能。不過，經保守性手術后仍有可能復發。患者應堅持隨訪并爭取盡早懷孕對40歲以上，年齡較大且無生育要求的婦女，可以切除全子宮以及一側或雙側卵巢和輸卵管。