急性上呼吸道感染約有70％－80％由病毒引起。主要有流感病毒（甲、乙、丙）、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、鼻病毒、埃可病毒、柯薩奇病毒、麻疹病毒、風疹病毒。細菌感染可直接或繼病毒感染之后發生，以溶血性鏈球菌為多見，其次為流感嗜血桿菌、肺炎球菌和葡萄球菌等。偶見革蘭陰性桿菌。其感染的主要表現為鼻炎、咽喉炎或扁桃腺炎。

當有受涼、淋雨、過度疲勞等誘發因素，使全身或呼吸道局部防御功能降低時，原已存在于上呼吸道或從外界侵入的病毒或細菌可迅速繁殖，引起發病，尤其是老幼體弱或有慢性呼吸道疾病如鼻旁竇炎、扁桃體炎者，更易罹病。