肺部因呼吸與外界大氣相通，大氣污染和感染因子可以直接性的侵入。其次，經血液循環受機體內部有害物質的侵害。對于這些內外的不利因子的威脅，呼吸系統在物理，生物，神經，免疫，生化等方面發揮著至關重要的防御功能。
 一，氣道防御機制。 1，氣道物理學的防御機制是通過對致敏因子的沉積，滯留和氣道粘連-纖毛的消除作用完成的。2，同腸道內的正常菌群一樣，上呼吸道的正常菌群對機體來說也是一種有效的生物防御機制。3，有害物質刺激鼻粘膜，咽喉，氣管等部位，而引起的咳嗽反射等，屬于神經學防御機制范疇。
二，氣道-肺泡的免疫防御機制。1，分化程度較高的淋巴結。2，支氣管相關樣淋巴組織。3，低級淋巴樣集合體。4，局限在氣道，肺泡腔的淋巴細胞。
三，肺泡防御機制。  1，肺泡中存在大量肺泡巨噬細胞。能有效吞噬有害因子。2，肺泡表面活性物質有增強防御的功效。