先天性心臟病既然是從娘胎里帶來的，那就與胎內的環境密切相關，或者說，與母體密切相關。如果在懷孕期間（主要是前三個月）母親患了病毒感染，尤其是風疹、腮腺炎、流行性感冒，就很可能造成胎兒心臟畸形，因為心臟的發育成形是在懷孕后的頭三個月；懷孕的母親服用太多的鎮靜藥、抗菌素（主要是四環素、土霉素、金霉素）和奎寧等也是原因之一；母親患有“糖尿病”、“甲狀腺機能亢進”等病時，也會使胎兒心臟發育不正常；高齡婦女的多產兒容易有先天性心臟病及其他畸形；懷孕期間接觸放射線，飲食中缺乏葉酸，孕婦的心情不佳等，均與嬰兒先天性心臟病有關系；另外，也可以見到在同一家庭中，雙胎或幾個孩子都有先天性心臟病或其他畸形，家庭成員中有人患心臟病時，小孩得先天性心臟病的也多。這些情況都說明先天性心臟病和遺傳有關。母親在懷孕期間，如能避免上述不利因素，特別是預防病毒感染，盡量少吃藥（包括中藥在內），這對于預防胎兒心臟發育畸形是很有好處的。
先天性心臟病會遺傳嗎？
先天性心臟病不一定有遺傳因素，但是某些先天性心臟病兒卻與遺傳有關，不過不一定父母有心臟病，而是父母的染色體中有問題，譬如象2 1—三體綜合征，18—三體綜合征，這些有染色體位置改變或異常的都是與遺傳有關的。所以說父母有心臟病，孩子不一定有心臟病；父母沒有心臟病，孩子不一定就不會有先天性心臟病。
先天性心臟病的病因學目前尚不完全清楚。但隨著目前分子生物學的發展，人們發現遺傳因素在先天性心臟病的發生發展中起一定作用。比如Marfan 綜合征其為一常染色顯性遺傳疾病，其基因定位已十分明確，位于15號染色體的長臂上，迄今已發現了20多個突變位點。
還有一些為多基因遺傳性先天性心臟病。如房間隔缺損，其遺傳度為57-60%，先證者同胞及子女再發風險率為2.5-4.6%。室間隔缺損在亞洲的群體發病率為1.2-3.1%，其遺傳度在43-55%，先證者的同胞再發風險率為3.3-4.4%，其子女為3.7-4.0%。最常見的與遺傳有關的先天性心臟病是伴有其它器官畸形的先天性心臟病，如多脾綜合征，其100%伴有先天性心臟病，染色體病如21三體綜合征，50%患者伴有先天性心臟病，Turner綜合征40%可伴先天性心臟病。