附睪囊腫的治療用藥在臨床上多選用廣譜抗生素及對革蘭氏陰性菌效果較佳的抗生素。對于疼痛、發熱等全身癥狀，應用解熱鎮痛藥對癥處理。如果附睪疼痛較重可請專科醫師予1％利多卡因10～20毫升由睪丸上端處行精索局部封閉，可起到止痛、解除墜脹作用。如果附睪炎性包塊增大，陰囊皮膚紅腫且有波動感，形成膿腫則須行切開引流。因留置導尿管招致本病者，應拔除尿管。另外，急性期期間附睪囊腫的治療要避免性沖動和重體力活動，以免加重感染和癥狀。對少數頑固病人且病情控制不理想，可行附睪甚至包括睪丸切除術。黃連素或新霉素離子透入，附睪囊腫的治療單用抗生素往往治療效果滿意，如附睪炎反復發作引起前列腺炎應在非發作期行輸精管結扎術，前列腺炎可治愈，有時也可行附睪切除術。如果慢性附睪炎有多次反復發作者，可考慮做附睪切除。值得重視的是，無論急性還是慢性附睪炎，如為雙側發生，均有導致不育的可能，故發生附睪炎應及時治療。