怎樣才算是真正的小陰莖呢？專家說，陰莖在青春期前短于２.５厘米，青春期后短于５厘米，而且發育不正常，沒有勃起功能；特別是第二性征發育不良，性功能障礙，無生育力，無精子，這時方可認為是陰莖發育不正常。

導致小陰莖的病因包括：

1、特發性小陰莖，原因至今不明。

2、部分性抗雄激素綜合征，即陰莖對雄激素不敏感，患者體內睪酮水平正常，但第二性征異常，甚至可能有尿道下裂。

3、低促性腺激素性腺功能低下癥，這是因為下丘腦和垂體有病變，不能向下發出分泌睪酮指令。上述兩種疾患本書已分別介紹過。

4、病變原發于睪丸的高促性腺激素性腺功能低下癥，這時下丘腦和垂體正常，能發出強有力的指令，但睪丸有病，無法執行生產性激素和精子的命令。