一是先天因素，包括染色體異常、精子、卵子異常等。其中，精子、卵子異常也可能因后天炎癥引起。
二是內分泌功能不足，表現為孕激素(黃體功能)不足。在懷孕的前十周，胚胎的發育都是靠卵巢分泌孕激素、絨毛膜促性腺激素支持，直到懷孕近三個月胎盤功能完善，才轉靠胎盤支持。所以早期孕激素不足，胚胎也難以發育。
三是有器質性病變，如子宮畸形、子宮肌瘤等，造成宮腔細小、胚胎著床位置不好或受壓迫。
四是免疫功能的問題，如由于封閉抗體缺乏，胚胎被母體認為是異物而產生排斥，從而引起流產。
五是外力作用，如碰傷、激烈運動、顛簸以及性生活等，對早期的胚胎都可能形成巨大沖擊。
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五大原因會造成自然流產