一、急性腎盂腎炎的診斷　
根據全身表現、尿路系統癥，尿白細胞數增多，尿細胞檢查陽性，診斷不難確定。但需與急性下尿路感染特別是膀胱炎相鑒別，因二者治療原則不同，預后也不同，下述可資鑒別：

①尿中抗體包裹細菌檢查陽性者，多為腎盂腎炎。陰性者多為膀胱炎；
②膀胱滅菌后的尿標本細菌培養陽性者為腎盂腎炎，陰性者多為膀胱炎；
③參考臨床癥狀，有發熱（＞38攝氏度）或腰痛，腎區叩擊痛或尿中有白細胞管型者，多為腎盂腎炎；
④經治療癥狀消失后，六周內復發者多為腎盂腎炎，或經單劑量抗菌藥治療無效或復發者多為腎盂腎炎。
二、慢性腎盂腎炎的診斷可依據：
①尿路感染病史在1年以上，而且持續有細菌尿或頻繁復發者；
②經治療癥狀消失后，仍有腎小管功能減退者（如腎濃縮功能差、尿比重低、酚紅排泄率下降等）；
③X線造影證實有腎盂腎盞變形，腎影不規則甚至縮小。若缺乏這些明顯的證據，要確診則比較困難。
三、慢性腎盂腎炎還須與下列疾病相鑒別：
（一）腎、泌尿道結核　   腎、泌尿道結核是結核桿菌引起的腎臟和泌尿道感染。癥狀、體征、尿改變都可與慢性腎盂腎炎相似，其區別點是腎、泌尿道結核時尿路刺激癥狀明顯，尿沉渣涂片可找到抗酸桿菌（要除外尿垢桿菌污染），尿普通細菌培養陰性而結核桿菌培養陽性，尿亞硝酸還原試驗陰性。X線檢查有時可見腎區有結核病灶鈣化影或有蟲蝕樣組織缺損區（干酪壞死灶）。部分腎結核患者可找到肺、腸及腹腔、骨、前列腺、副睪或盆腔結核病灶。
（二）尿道綜合征（Urethral Syndrome）是女性常見的下尿路疾病，有明顯的尿頻、尿急、排尿困難等尿路刺激癥狀，但多無全身表現，無腰痛、無上輸尿管點、肋腰點壓痛，無腎區叩痛，中段尿檢查白細胞數不增多或稍增多（一般＜10個／HP）多次尿細菌培養菌落數＜ 10×107／L（105／ml），癥狀經2－3天后逐漸消失，但卻容易復發，該綜合征有一部分可能為病原體感染，另一部分可能為非感染性疾病。
（三）慢性腎小球腎炎慢性腎小球腎炎無明顯尿路刺激癥狀，尿沉渣中白細胞數增多不明顯，無白細胞管型，尿細菌檢查陰性，而尿蛋白含量較多，易引起低蛋白血癥，腎小球功能損害較明顯。腎盂腎炎的尿蛋白量較小，一般在1－2g/24小時以下，而腎小管功能損害較明顯。根據這些特點，兩者鑒別不難。但晚期病例兩者皆可以尿毒癥為主要表現，鑒別有時困難，特別當慢性腎小球腎炎合并尿路感染時，更是如此。這時需詳詢病史和過去表現。結合兩病各自的臨床特點，加以分析、才能判定。若是慢性腎小球腎炎合并感染，經過治療將感染控制后，腎小球腎炎的特點可明顯地表現出來。
（四）其它在急性腎盂腎炎或慢性腎盂腎炎急性發作而以血尿為突出表現者，當血塊通過輸尿管時，可引起腎絞痛，這時須與泌尿道結石鑒別，通過詢問病史，尿細菌學檢查，必要時作腹部X線照片或靜脈腎盂造影，可鑒別。