輕型腎盂腎炎經過一般治療和抗菌治療后癥狀多能消失，細菌培養(yǎng)轉陰。但對于嚴重的腎盂腎炎或輕型腎盂腎炎處理不當而出現發(fā)熱寒戰(zhàn)、腰痛、血象有白細胞明顯升高等全身中毒癥狀者，可肌肉或靜脈給予抗生素。如慶大霉素8萬單位或妥布霉素1.5mg/公斤，每8小時一次；氨芐青霉素3.0克或頭孢噻肟3.0克，每日2次；甲氟哌酸400mg，每日兩次。也可先用氨芐青霉素，必要時加用慶大霉素，如果治療未能顯效，應根據藥敏結果更換抗生素。如果還未顯效，則應考慮并發(fā)腎內或腎周圍膿腫，需行B超或CT檢查，以明確炎癥發(fā)展狀況，選擇有效的抗生素，待患者癥狀控制2天后，改用口服有效抗菌藥，如復方新諾明、氟哌酸、呋喃口旦啶等，完成2周療程。
重癥急性腎盂腎炎如使用上述常規(guī)的抗菌素治療3～4天，菌尿仍不能轉陰，且臨床癥狀加重，有嚴重的寒戰(zhàn)，疑為菌血癥，甚至出現低血壓，呼吸性堿中毒，疑為革蘭氏陰性桿菌敗血癥者，多是復雜性腎盂腎炎，致病菌常為多重耐藥的革蘭氏陰性桿菌，可選擇半合成廣譜青霉素、氨基糖甙類、第三代頭孢菌素類、單環(huán)型β-內酰胺抗生素聯合應用。在病情允許時，宜盡早確定有無尿路梗阻等情況。如有尿路梗阻，應及時糾正尿路引流不暢，否則，復雜性尿路感染不易治愈。有的病人在治療過程中，原發(fā)細菌經治療后消失，但又產生新的細菌，或者細菌本身發(fā)生突變，對正在應用的抗菌藥物產生耐藥性，所以，需要反復進行細菌培養(yǎng)及藥物敏感試驗，根據檢查結果，重新調整抗菌藥物，直至體溫正常，全身癥狀消失，細菌培養(yǎng)陰性2周后為止。