由于慢性腎盂腎炎反復發作，致腎臟中炎癥和修復過程交替進行，結締組織增生和瘢痕形成，使得局部血運差，抗生素不易進入病灶；局部引流不暢，致病菌難以清除，因此炎癥難控制，受損的腎組織不易修復。而受損腎組織在恢復之前，亦是引起反復感染的一個重要因素。因而慢性腎盂腎炎治療的重點為盡快消滅致病菌，促使受損腎組織盡早恢復。同時積極尋找易感因素，并卻除之，是抗菌治療有效的前提。如手術治療肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以較有效的治療腎盂腎炎。抗菌治療的原則為：

(1)抗生素的選擇 定期作尿細菌培養和菌落計數，并參考藥物敏感試驗的結果來選用最敏感的抗生素。由于致病菌較為頑固，以2—3種抗生素聯合應用為佳。

(2)療程 療程是慢性腎盂腎炎治療成敗的關鍵，不能足療程用藥，即使原治療有效，往往不能徹底清除細菌，同時培養了耐藥菌，使致病菌得到喘息，一旦條件適宜，即可復發，病情遷延。因此，慢性腎盂腎炎急發時，按急性腎盂腎炎的治療原則用藥，總療程不少于4周。當臨床癥狀被控制后，可停藥觀察，一般每月復查尿常規和尿細菌培養一次，共半年。若尿中仍有菌，可采用長程低劑量抑菌治療，具體方法為：每晚睡前排尿后口服單一劑量抗生素，劑量為每日劑量的1/3—1/2。抗菌藥可選擇3—4種為一組循環使用，即可使副作用降到最低，又可預防耐藥性的產生，還可達到較好的抑菌效果。如可選用復方新諾明、羥氨芐青霉素、頭孢菌素Ⅳ等。療程尚無定論，可用4個月、6個月、甚至1年。