由于失去激素的支持,更年期女性的生殖系統發生萎縮性改變,主要表現在:外陰失去大部分膠原、脂肪和保留水分的能力,腺體萎縮,分泌減少,皮脂腺分泌也減少,皮膚變薄、干、易裂。陰道縮短、變窄,皺褶減少,壁變薄,彈性減弱,分泌減少。早期呈現充血性改變,壁脆易受傷和出血,有彌漫性或散在的淤斑,晚期顏色蒼白,粘連帶增多。由于陰道的萎縮,使尿道與恥骨聯合的角度從90度變為80度。開口接近陰道口,任何陰道操作或性行為可能增加對尿道的壓力而發生排尿不適、尿頻和感染。宮頸萎縮,分泌黏液減少。子宮萎縮以宮體萎縮為主,內膜變薄。子宮隨絕經時間延長繼續緩慢縮小。由于腺體和肌層萎縮,部分患有子宮內膜異位癥或肌瘤的患者可能因此免去手術。輸卵管也萎縮。生殖道的支持結構減弱,盆底松弛,易發生子宮脫垂、膀胱脫垂或直腸脫垂。