最常見的調經后遺癥就是月經周期大亂及月經照常來潮。其發生的原因有兩種：

(1)醫師未完全掌握患者的月經周期，便貿然進行調整。我們所做的調整最好是將黃體素從高濃度瞬間降至低濃度的狀態，讓患者月經來潮。不過，有些人的月經周期不規則，醫師若按照正常調法，在排卵期之前使用黃體素，剛好此階段是黃體素逐漸升高的時期，月經自然就不會來了。

(2)有些人的吸收能力較差，地某種黃體素無法吸收，大部分在腸胃道便被排除出去，所以在血液中無法維持較高的濃度的黃體素，反而造成較低的濃度。有些人則是本身的黃體素較高，當給予的劑量不足或患者本身吸收不良時，調經便會無效。

調經方式若與女性荷爾蒙的規律一致，下一次的月經周期應與此次的月經周期不會有太大差異。因為女性荷爾蒙的分泌是靠著子宮內膜與卵巢本身分泌的荷爾蒙，刺激腦下垂體，決定下一次的月經周期。所以我們若能依照生理周期調整，下一次的月經周期應與原本的月經周期大致相同。

其他的調經后遺癥就比較少見了，例如月經來潮的天數延長，或一直有不正常的出血。若發生這種情況，必須再找醫師重新調整。