典型癥狀為下腹痛，痛經、性交不適和不孕
　　
　　一、月經不調：常有月經過多、經期延長或經前點滴出血。
　　
　　二、下腹痛和痛經：特點是繼發性和漸進性加重。即初潮后的最初幾年內無痛經，數年或10余年后才出現，并有逐步加劇現象。疼痛多位于下腹深部和腰骶部，以盆腔中部為多，可牽涉到盆腔兩側及骨盆壁，可放射至陰道、會陰、肛門或大腿。常于月經開始出現，并持續至整個月經期。疼痛的程度與病灶大小不成正比。約20％－35％患者可無痛經。也有腹痛時間與月經不同步者，少數患者長期下腹痛，至經期疼痛更劇烈。
　　
　　三、不孕：本病患者約40％不孕，主要由于盆腔粘連、輸卵管阻塞或蠕動減弱，影響受精卵的輸送，或并發未破裂卵泡黃素化綜合征，或卵巢黃體功能不足，或自身免疫反應干擾受精與著床等因素所致。
　　
　　四、性交疼痛：異位內膜累及子宮直腸后陷凹和子宮骶骨韌帶時，常有深部性交疼痛，經前期尤甚。
　　
　　五、其他：腸道病灶可致腹瀉或便秘，或有周期性排血；累及泌尿系統者可有經期尿頻尿急、排尿困難，或周期性血尿；遠道的異位內膜病灶還可致經期咯血、流鼻血等。除上述癥狀外，卵巢子宮內膜異位囊腫破裂時，引起突發性劇烈下腹痛，伴惡心嘔吐和肛門墜脹，破裂時間多發生于經期前后或經期。