子宮內膜異位癥的癥狀隨異位內膜的部位而不同，并與月經周期有密切關系。

1、痛經：為一常見而突出的癥狀，多為繼發性，即自發生內膜異位開始，患者訴說以往月經來潮時并無疼痛，而從某一個時期開始出現痛經。可發生在月經前，月經時及月經后。有的痛經較重難忍，需要臥床休息或用藥物止痛。疼痛常隨著月經周期而加重。由于雌激素水平不斷高漲，使異位的子宮內膜增生、腫脹，如再受孕激素影響則出血，刺激局部組織，以致疼痛。如系內在性子宮內膜異位癥，更可促使子宮肌肉攣縮，痛經勢必更為顯著。異位組織無出血的病例，其痛經可能由血管充血引起。月經過后，異位內膜逐漸萎縮而痛經消逝。此外，在盆腔子宮內膜異位癥中，可查出許多炎癥過程，很可能局部的炎癥過程伴有活躍的腹膜病變，從而產生前列腺素、激肽和其他肽類物質引起疼痛或觸痛。但疼痛程度往往不能反映出腹腔鏡檢查所查出的疾病程度。臨床上子宮內膜異位顯著，但無痛經者，占25%左右。婦女的心理狀況也能影響痛覺。

2、月經過多：內在性子宮內膜異位癥，月經量往往增多，經期延長。可能由于內膜增多所致，但多伴有卵巢功能失調。

3、不孕：子宮內膜異位患者常伴有不孕。根據天津、上海兩地報道，原發性不孕占41.5～43.3%，繼發性不孕占46.6～47.3%。不孕與內膜異位癥的因果關系尚有爭論，盆腔內膜異位癥常可引起輸卵管周圍粘連影響卵母細胞撿拾或導致管腔堵塞。或因卵巢病變影響排卵的正常進行而造成不孕。但亦有人認為長期不孕，月經無閉止時期，可造成子宮內膜異位的機會;而一旦懷孕，則異位內膜受到抑制而萎縮。

4、性交疼痛：發生于子宮直腸窩、陰道直腸隔的子宮內膜異位癥，使周圍組織腫脹而影響性生活，月經前期性感不快加重。

5、大便墜脹：一般發生在月經前期或月經后，患者感到糞便通過直腸時疼痛難忍，而其他時間并無此感覺，為子宮直腸窩及直腸附近子宮內膜異位癥的典型癥狀。偶見異位內膜深達直腸粘膜，則有月經期直腸出血。子宮內膜異位病變圍繞直腸形成狹窄者有里急后重及梗阻癥狀，故與癌瘤相似。

6、膀胱癥狀：多見于子宮內膜異位至膀胱者，有周期性尿頻、尿痛癥狀;侵犯膀胱粘膜時，則可發生周期性血尿。

腹壁疤痕及臍部的子宮內膜異位癥則出現周期性局部腫塊及疼痛。

有人報道，490例不孕癥腹腔鏡檢查中，229例為不同期別的子宮內膜異位癥。輸卵管雙側通暢的為50例(21.8%)，一側通暢，另一側欠通暢或阻塞者為73例(31.7%)，雙側欠通或一側欠通、一側阻塞者為72例(31.3%)，雙側不通者49例(21.3%)。雙側輸卵管不通肯定不能自然致孕，占內異癥不孕的1/5;雙側或一側通而不暢者占1/3弱;1/5雙側皆通或一側通占到1/3弱。輸卵管阻塞或通而不暢者，以及傘端周圍有粘連，皆影響卵細胞進入輸卵管內。但一側通暢輸卵管，甚至兩側都通者，也發生不孕。此外，卵巢受異位子宮內膜破壞也影響卵細胞發育或排卵及黃體功能不健。上述變化容易解釋不孕機制。內異癥患者自身免疫反應也對精子和受精卵不利。

內異癥患者流產率也較高。據有關報道，內異癥受孕者流產率可同達44～47%。內異癥患者經手術治療后，流產率下降到8%。