子宮內膜異位癥可以用藥物治療，使異位的病灶縮小，癥狀減輕或消失。藥物治療子宮內膜異位癥，主要依靠抑制卵巢功能以誘發異位子宮內膜萎縮。藥物治療方法有：

(1)假孕療法：20世紀50年代治療子宮內膜異位癥，主要采用假孕療法，使異位內膜轉化為蛻膜，間質水腫，內膜壞死萎縮，常用的藥物為孕酮。

(2)假“絕經”療法：20世紀80年代開始用假絕經療法，通過抑制垂體促性腺激素的分泌而抑制卵巢功能，使子宮內膜萎縮，造成絕經。常用藥物為丹那陛、內美通等。

(3)藥物“切除卵巢”：20世紀80年代開始用GnRH-A治療子宮內膜異位癥獲得良好效果，作用機制是用GnRH-A后占據腦垂體大部分GnRH受體，造成垂體促性腺激素降調節及垂體脫敏作用，結果垂體分泌的促性腺激素FSH及LH分泌降低，最終卵巢分泌的性激素減少，可降到絕經期水平，使種植內膜萎縮。

(4)抗雌激素藥物：三苯氧胺是抗雌激素藥物，是繼孕酮、丹那唑之后供選擇治療子宮內膜異位癥的藥物。

(5)米非司酮(RU486 息隱)：米非司酮具有抑制排卵、誘發黃體溶解、抗增殖作用，在臨床上較廣泛使用。治療期間患者出現閉經，腹痛緩解，病灶縮小。停藥后3~6周月經恢復正常。

(6)中藥：常用桂枝茯芩膠囊，每日3次，每次口服3片。