女性感染陰道毛滴蟲病后，一般要經過4-28天的潛伏期，主要表現大量臭味膿性陰道分泌物，分泌物呈泡沫狀。嚴重時白帶可混有血液。多數病人有外陰瘙癢和灼熱感、排尿困難、疼痛、尿頻、尿急、甚至間歇血尿等。癥狀往往于月經前后、妊娠、疲勞或房事后加重。檢查時可發現外陰發炎、糜爛、陰唇水腫、陰道及宮頸粘膜發紅及尿道炎、偶見腹股溝擦爛等。嚴重病人陰道壁和子宮頸有出血點和糜爛、呈典型的“楊梅狀”、宮頸可充血、水腫。

診斷生殖器滴蟲病最實用和可靠的檢查化驗是在女性的陰道和男性的尿道取分泌物直接找毛滴蟲。一般用消毒棉拭子在陰道或尿道拭取分泌物，置于含有1至2ml的溫熱生理鹽水試管中，用來涂成懸滴薄片，進行鏡檢，即可見到毛滴蟲。毛滴蟲也可經過培養檢查，其準確率可達98%。

一般來說，診斷毛滴蟲性陰道炎常需與念珠菌性陰道炎鑒別。念珠菌性陰道炎主要癥狀也是白帶增多，外陰瘙癢，但是，念珠菌性陰道炎白帶增多為水樣或膿樣，夾雜著乳酪樣或豆腐渣樣物。直接鏡檢可作出明確的診斷。