典型的尖銳濕疣一般不需作實驗室檢查即可作出診斷。當患者癥狀不典型，部位不典型，特別是婦女，其陰道口可有類似于尖銳濕疣的假性濕疣，需作實驗室檢查以明確診斷。常用的實驗室檢查有如下的方法：

（1）細胞學檢查　取陰道、子宮頸等部位的濕疣組織作成涂片，作帕氏染色。在涂片中可以見到兩種細胞，一種細胞的核周圍有暈環，它占據了細胞漿的大部分，而將細胞漿壓縮到邊緣呈濃縮狀，此種細胞稱為空泡化細胞，它來源于淺層的鱗狀上皮細胞；另一種細胞稱為角化不良細胞，可單個或成堆分布，胞漿呈橙紅色至淡黃色，核小而致密。在尖銳濕疣病的的涂片中這兩種細胞常可混合存在。

（2）組織病理變化　主要為角化不全，棘層高度肥厚，乳頭瘤樣增生。粒層和棘層上部細胞有明顯的空泡形成。棘細胞基底細胞有相當數量之核分裂，頗似癌變，但細胞排裂規則，且增生上皮和真皮之間境界清楚。

（3）組織化學檢查　取少量病損組織制成涂片，用特異性抗人類乳頭瘤病毒的抗體作染色。如果病損中有病毒抗原，則抗原抗體結合，在用過氧化物酶抗過氧化物酶（PAP）方法中，核可被染成紅色。此法特異性強且較迅速，對診斷有幫助。

對尖銳濕疣的實驗室檢查，目前還很不成熟，組織學檢查和組織病理檢查都有一定的誤診率，需在條件好的醫院檢查。

扁平濕疣是二期梅毒的一種皮膚表現，常發生于陰部，肛門等處。尖銳濕疣是由于尖銳濕疣病毒侵犯*引起的一種皮膚增殖反應，也是一種常見的性病。它們二者形態相似，鑒別診斷十分重要，否則治療錯誤，延誤治療。