生殖器皰疹是誤診率較高的疾病。下面介紹幾個需要鑒別診斷的疾病。

1、固定紅斑性藥疹

常常由于口服磺胺類藥物或止痛類藥物引起。發生于陰部，有紅腫，常破潰，糜爛，也有復發。

2、硬下疳

為硬性潰瘍，邊緣整齊。

3、淋病

也可發生龜頭包皮炎，但主要表現為急性化膿性尿道炎。

4、龜頭包皮炎

初起潮紅、糜爛，但很少出現水皰。可有滲液，包皮水腫不能上翻，有時有膿性分泌物。依據不同的病因可分為外傷性龜頭炎、接觸性龜頭炎、感染性龜頭炎、念珠菌性龜頭炎、阿米巴性龜頭炎、滴蟲性龜頭炎、漿細胞性龜頭炎等。