傳染性軟疣多見于兒童及青年，具有約2～3周的潛伏期。傳染性軟疣一般約6～9個月可消退，也有持續3～4年的患者。傳染性軟疣的病程與數目無關，愈后不留疤痕。

傳染性軟疣癥狀初起為米粒大的半球形丘疹，以后逐漸增大至豌豆大，中心微凹如臍窩，表面有蠟樣光澤，早期質地堅韌，后逐漸變軟，呈灰白色或正常膚色。

傳染性軟疣皮損的頂端挑破后，可擠出白色乳酪樣物質，稱為軟疣小體。損害數目多少不定，少者幾個，多者可達幾十個甚至上百個。少時分散，多時成簇，但不融合。多有癢感，好發于軀干、四肢、肩胛、陰囊等處，但全身任何部位皆可發生，有時可發生于唇、舌及頰粘膜。少數病人的損害可角化而類似皮角，稱為角化性傳染性軟疣。

傳染性軟疣易繼發感染而出現局部紅腫或并發膿皰，或在損害周圍繼發濕疹樣損害。發于眼瞼者常可引起慢性結膜炎或角膜炎。當軟疣除去后，這些繼發損害會自然消退。