非手術療法處理色素痣最大的優點是痛苦小，對淺表、細小、非惡性色素痣效果不錯，有時不留下痕跡。
但是，也有其自身明顯的不足：如不能對病變組織進行病理組織切片分析以明確病變的性質是良性還是惡性。其次，對較大范圍的病變；對處治病變的徹底性；及術后外觀常不及手術療法好。當然適應范圍也就有限。
手術療法最大的優點是能將病變組織包括轉移的淋巴結一并徹底切除。同時，經過病理組織檢查，還能準確了解病變性質。對任何類型、任何部位的色素痣均可較好地進行處理。當然亦有美中不足之處，如需一定條件，具有一定的技術性及具有確保手術成功的一切設施與手段，還要忍受一定痛苦，遇上疤痕體質病人還會出現明顯的疤痕。