生殖道皰疹短暫的臨床病程可以幫助醫務人員將皰疹與外陰的絕大部分其他囊泡潰瘍型疾病區別開來。帶狀皰疹較少與生殖道皰疹混淆，因為帶狀皰疹呈單向(帶狀)分布，不會在同一部位復發，病程較長，病灶較大，且病變更為頑固。因此，區分二者很少需要實驗室檢查的確證。然而，明確診斷卻需要病毒培養。如果病毒培養陰性，就應進行PCR試驗，以便確認引發感染的特異性病毒.

生殖道皰疹有可能與梅毒的多發性下疳、軟下疳、Beh9et綜合征的病變以及牛痘相混淆。在過去，生殖道皰疹感染經常被診斷為軟下疳。念珠菌病等任何原因造成的抓傷也有可能被認為是生殖道皰疹。

皰疹病毒擁有獨到的既能引發有癥狀的感染又能潛伏存活的能力。潛伏狀態的病毒寄生于感覺神經節內，這是一個限制機體免疫機制介入的部位。這極有可能就是機體即使已經產生了皰疹病毒抗體仍無法排除病毒的原因所在。