阻塞性腦積水在CT和MRI上均表現為阻塞近側腦室擴大，阻塞遠側腦室形態正常或縮小，特征明確，診斷不難。而困難的是病因診斷，因此，必須在認真確定阻塞部位基礎上仔細觀察阻塞部位腦室及其周圍組織情況。

在鑒別診斷方面，阻塞性腦積水所致的腦室擴大和交通性腦積水一樣主要應與腦萎縮所致腦室擴大相鑒別。有些形態學特征可助于兩者鑒別。腦積水的腦室擴大是均勻性和中心性擴張，腦室壁膨脹尤如在許多來自腦中心軸的放射狀分力作用下將腦室向四周撐開，故腦室的擴張，尤其在兩側側腦室前角呈氣球狀；而腦萎縮的腦室形態改變則不及腦積水明顯，特別腦室旁腦組織較少的部位變形輕微，如第三腦室的前壁、漏斗隱窩和視隱窩，可無甚明顯改變。在冠狀面或水平面成像時，腦萎縮的兩側室頂部的夾角較大，可大于140。這是由于胼胝體等組織萎縮所致。至于腦積水，此角常較小，可小于120。，此乃由于胼胝體隨側腦室膨大而上移，而其中央部受大腦鐮的限制不能上移，從而形成室頂角較小。此外，在腦積水時由于顱內壓力較高，腦溝變淺或消失，腦池亦不增大；而腦萎縮涉及灰質時，腦溝加深，腦池擴大。阻塞性腦積水和腦萎縮均可致一側腦室擴大或一側擴大更為明顯，在阻塞性腦積水時腦室可向擴大或擴大明顯側的對側移位，而腦萎縮時則可向擴大側或擴大明顯側的同側移位。

關于阻塞性腦積水與交通性腦積水的鑒別，如果阻塞發生在中腦導水管以上，由于第四腦室不擴大，則很易與交通性腦積水鑒別，后者多有第四腦室擴大；如果阻塞部位在第四腦室出口時，則兩者區別有一定的困難，必要時需結合非離子型造影劑腦池造影CT來觀察第四腦室與蛛網膜下腔的通暢情況。