首先根據血尿的伴隨癥狀來區別不同血尿，若血尿伴有尿頻、尿急、尿痛，尤伴尿痛者，多為泌尿系感染、結石等，稱為有痛性血尿；若血尿不伴尿痛，稱為無痛性血尿，在腎炎、腎結核、泌尿系腫瘤中很常見，尤其年齡大的患者，出現肉眼血尿，呈無痛性，應當注意進行各方面檢查，以排除惡性病變。
血尿伴隨的其它全身性癥狀，也可以據此分析區別血尿的原因。目前采用尿紅細胞形態的檢查，來判斷血尿的來源，符合率達90%左右。具體辦法是取離心后尿沉渣，置于玻片上，用相差顯微鏡來觀察尿中紅細胞的形態。腎小球源性血尿，其尿中紅細胞為變形紅細胞，即紅細胞呈現多種形態，如面包圈樣、草莓樣、水滴樣，甚至為破碎紅細胞，提示血尿是因腎小球的病變所導致。非腎小球源性血尿，尿中紅細胞多呈正常或大致正常形態。
此外，肉眼血尿還應與血紅蛋白尿相鑒別。血紅蛋白尿的產生是由于溶血性疾病，血漿中游離血紅蛋白含量增加，越過了腎閾值，從腎小球濾過，而進入尿中。血紅蛋白尿的顏色可呈紅色、棕色，甚至呈黑色，與血尿鑒別主要依靠顯微鏡檢查血，尿的尿中含有大量紅細胞，而血紅蛋白尿中無紅細胞，這是兩者根本的不同之處。