1.發熱性疾病 當急性尿路感染尿路癥狀不明顯，但全身感染癥狀突出時，易與流感、瘧疾、敗血癥、傷寒等發熱性疾病相混淆。

2.腹部器官炎癥 有些尿路感染無尿路局部癥狀，而表現為腹痛、惡心、嘔吐等癥狀，易與急性胃腸炎、闌尾炎及附件炎相混淆。

3.急性尿道綜合征 是一組最常見的與尿路感染有關的綜合征，主要指下尿路感染綜合征，即尿頻、尿急、尿痛或排尿不適、膀胱區疼痛等。但既無膿尿也無細菌尿，其病因不明，多見于中老婦女，尿頻常較排尿不適的表現更為突出，均有長期使用抗生素而無效的病史。

4.腎結核 有些尿路感染以血尿為主要表現，膀胱刺激征明顯，易誤診為腎結核。需進行實驗室檢查相鑒別。