陰莖萎縮癥是一種合并癥。陰莖皮膚萎縮，呈進行性硬化病變。黏膜干燥變硬，失去光澤。有時合并白斑，也有繼發單純的龜頭炎。病變的早期呈現白色的丘疹。相繼波及整個龜頭。進行性的硬化病變，如干燥性栓塞性龜頭炎就是萎縮癥的特殊狀態。本癥多發于青壯年。初期，在小的紅腫部位，其間有白色病變，皮膚萎縮，伴有奇癢。若硬化性病變嚴重時，波及整個龜頭、包皮及尿道，便出現尿道狹窄，導致下尿路梗阻癥狀——排尿困難。萎縮癥的另一種病理改變是萎縮苔癬樣變，包皮表面光滑，有光澤散在性丘疹或斑點。最終，呈限局性白色鱗片脫落（皮膚角化所致）。病變再進一步發展，呈反復進行性萎縮，給患者在精神上或肉體上造成嚴重的后果。

陰莖萎縮也可能是疾病導致的，曾患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發育不全等癥及內分泌不平衡，雄性激素不足或是性生活過度、身體衰弱等，使腎臟在發育時無能量去壯大發育性器官，形成陰莖萎縮。

陰莖萎縮分生理性的和病理性的兩種，生理性的多見于老年人正常衰老的表現，一般不需要治療處理，病理性的多見于體內激素水平的下降或功能紊亂的情況，應積極配合醫生的檢查針對性治療。