陰莖疼痛主要指陰莖表皮或內部疼痛。有些男性在第一次性交后會感到陰莖疼痛，這時不必害怕，這可能是陰莖在勃起后大量充血而回血功能比較弱，造成性交后陰莖短時間內脹痛，一般1～3個小時后可以消失。新婚初夜時若多次性生活，也會出現這種情況，以后適度控制性生活頻率就可以了。在未割除包皮的男性身上，容易發生包皮內的感染（即龜頭炎），這也會使陰莖腫大和疼痛。

陰莖疼痛病因包括：①各種外傷、蚊蟲咬傷、丘疹或表皮外傷；②性交過度；③生殖器皮膚感染；④前列腺炎常引起陰莖疼痛，可能因為陰莖受到感染或受刺激導致；⑤尿道炎與淋病主要通過性行為傳染產生疼痛癥狀；⑥未割除包皮的男性，容易發生包皮感染，即龜頭炎，使陰莖腫大、疼痛。

通常有性交中陰莖頭或者射精時腹股溝絞痛、包皮刺痛、射精后會陰以及腰骶部酸痛，以及射精后排尿時尿道灼痛等。

針對引起陰莖疼痛的原發疾病進行治療。如果由于陰莖感染引起疼痛，可以用抗生素進行治療；如果因受到刺激導致陰莖疼痛，只要充分休息就可使癥狀減輕。