1.直腸指診：在內口處有輕度壓痛，少數可捫到硬結。探針檢查，只在治療中應用，一般不能作為診斷用，防止穿破瘺管壁，造成假內口。X線造影，自外口注入30%～40%碘油，照相可見瘺管分布，多用于高位肛瘺及蹄鐵形肛瘺。

2.影像學檢查：Yang(1993)對臨床疑有肛管直腸膿腫或瘺管17例，6例臨床上疑有膿腫，肛管超聲 AUS檢查也有膿腫表現;另外82%(9/11)AUS查出有瘺管，而臨床常規檢查未能發現。Lunniss(1994)對比了AUS及磁共振成像檢查，認為前者對括約肌間瘺有時有確診價值，而無法確診括約肌外瘺及經括約肌瘺，而后者對復雜性高位肛瘺，蹄鐵型肛瘺及臨床難以確診的疑難病例有絕對的優越性和準確率。

肛瘺的典型癥狀是肛周外口不斷有少量膿性、血性、黏液性分泌物流出，甚至有氣體和糞便排出，可刺激周圍皮膚引起濕疹和瘙癢。當外口假性愈合，膿液不能排出，即可出現直腸肛管周圍膿腫的表現，當外口再次破潰或切開引流后，癥狀緩解。如此反復發作多次后，可形成多個瘺口。

肛瘺的輔助檢查：

(1)肛門檢查：可見肛周皮膚上有單個或多個外口，呈紅色乳頭狀隆起，瘺管內肉芽組織增生，擠壓外口時有膿性或血性分泌物排出。

(2)直腸指檢：可觸及較硬的條索狀瘺管，沿瘺管觸摸可發現齒狀線附近的內口。指檢不能確定時，可用自濕紗布填入肛管至直腸下端，由外口注入美藍溶液1～2ml，然后抽出紗布，觀察紗布條染色部位，以判斷內口位置。