1.直腸指診：在內口處有輕度壓痛，少數可捫到硬結。探針檢查，只在治療中應用，一般不能作為診斷用，防止穿破瘺管壁，造成假內口。X線造影，自外口注入30%～40%碘油，照相可見瘺管分布，多用于高位肛瘺及蹄鐵形肛瘺。

2.影像學檢查：Yang(1993)對臨床疑有肛管直腸膿腫或瘺管17例，6例臨床上疑有膿腫，肛管超聲AUS檢查也有膿腫表現;另外82%(9/11)AUS查出有瘺管，而臨床常規檢查未能發現。Lunniss(1994)對比了AUS及磁共振成像檢查，認為前者對括約肌間瘺有時有確診價值，而無法確診括約肌外瘺及經括約肌瘺，而后者對復雜性高位肛瘺，蹄鐵型肛瘺及臨床難以確診的疑難病例有絕對的優越性和準確率。