藥物是治療肛瘺的首選方式，分為兩種，首先是中醫藥治療，其次就是西醫藥治療，當然，也有中西醫結合的方式，中治療療的時間相對較長，但是治療效果十分好，而西醫治療見效快，但是在效果上不如中醫藥，西醫藥兩種治療肛瘺的方式進行總結：

一、摻藥

將各種不同的藥物研成粉末，根據制方規律，并按其不同的作用，配伍成外用藥，稱為摻藥。 摻藥的種類很多，應用于痔瘺疾病范圍也較廣，不論肛門周圍膿腫、潰瘍、瘺管、內外痔術后及肛門皮膚病，凡需要消散、提膿、拔毒、生肌、收口等都可使用。由于瘡瘍性質和發病階段不同，在運用摻藥時，也應根據具體情況選擇。摻藥可撒于膏藥上、油膏上，或直接撒布于瘡面上，或粘附于紙捻上，再插入瘡口內，以達到消腫散毒、提膿化腐、腐蝕平督、燥濕祛風、生肌收口和定痛止血等目的。

二、油膏

是將藥物同油類煎熬為膏，或將藥物搗為細末，與油類攪勻成膏的制劑，又稱為軟膏。可用豬脂、羊脂、麻油、黃蠟、白蠟和凡士林等調制。其優點是：柔軟、滑潤。油膏在肛門疾病中經常使用，一般通用于內痔、外痔、肛裂、肛門周圍癰疽等，特別對肛門瘡口腐爛面較大和一般肛門皮膚病更為適宜。

三、箍圍藥

古時稱為敷貼，它是借藥粉具有箍集圍聚，收束瘡毒的作用，從而促使腫瘍消散。或即使毒邪結聚，一時難以消散，也可以使腫瘍縮小，達到早日成膿和破潰，避免毒邪蔓延，波及周圍組織間隙。如破潰后，余腫未消者，也可用它來消腫，解除余毒。所以，箍圍藥在臨床治療痔瘺科疾病中，應用較普遍，在外治法中，占有重要的位置。

四、生肌收口藥

具有促進新肉生長，促使傷口愈合的作用。摻布瘡面，能使瘡口迅速愈合，要在瘡瘍潰后或術后，當膿水將盡或腐肉已脫、新生出肉芽的時候使用。瘺管、內外痔、膿腫術后，若只依靠機體的再生能力來生肌收口，時間上較為緩慢，應用此藥則可促進其愈合。

五、止血藥

具有收澀凝血的作用，適用于潰瘍或術后出血，凡屬于小絡損傷出血者，可摻布于出血之處，外以紗布固定，可以促進傷口血液凝固，達到制止出血的目的。

一般情況下，初期的肛瘺最好的治療措施便是藥物，但若是是病情相對嚴重的狀況下，還是選擇手術治療，目前來說，手術治療主要都是微創的方式，一般來說不建議選擇傳統的開刀治療，傳統的手術治療對患者的身體有一定的影響。