肛瘺確診的方法有幾種，最簡單的是直腸指診，MRI檢查時確診肛瘺位置有極高的準確性。

1.直腸指診 在內口外有輕度壓痛，少數可捫到硬結。

2.亞甲藍染色法 將白濕紗布塞入肛管及直腸下端，通過外口向瘺管內注入亞甲藍1～2ml，然后取出肛管內紗布，根據紗布上有無亞甲藍染色及染色部位來明確瘺管的存在及內口部位。

3.探針檢查 用探針通過外口插入管道，以明確瘺管的位置及內口所在。此法一般在手術時麻醉下進行，如操作不當或不熟悉此法可能造成假道形成。

4.瘺管造影 自外口注入30%～40%碘油，X線攝片可觀察瘺管分布，多用于高位復雜性肛瘺及蹄鐵形肛瘺的診斷。

5.肛管超聲 對括約肌間瘺有時有確診價值，但無法確診括約肌外瘺及經括約肌瘺。

6.MRI檢查 Lunniss報道了35例此法檢查結果，與手術結果一致率分別為：原發性肛瘺(85.7%)，繼發瘺和膿腫(91.4%)，蹄形瘺(64.3%)，瘺內口80%。從而認為MRI檢查時確診肛瘺位置有極高的準確性。臨床正確使用MRI不僅可以提高手術成功率，而且可監測復雜性肛瘺是否完全愈合。